Генин - самый низкий уровень шиноби, присваиваемый после окончания Академии, при котором ещё видна разница в физическом развитии и навыках. Генины распределяются по группам, состоящих из четырёх шиноби — один опытный джоунин и три его ученика. Основываясь на индивидуальных качествах каждого юного ниндзя формирование в группы происходит по принципу уравновешивания сил разных команд. Однако прежде чем взять генина на обучение некоторые джоунины устраивают дополнительное испытание, чтобы проверить готовы ли те стать настоящими ниндзя и работать в команде. (К примеру Какаши Хатакэ устроил Наруто, Саске и Сакуре испытание, целью которого было отобрать у него бубенцы, что является трудной задачей для свежеиспечённых выпускников Академии по сравнению с опытным шиноби).
Генины начинают участвовать в миссиях D-ранга, которые большей частью основываются на ручном труде, к примеру сельскохозяйственные работы, и не представляют их жизни никакой опасности. Уже на этом этапе молодые ниндзя начинают вносить лепту в экономику родного селения, получая денежную плату за выполненное задание. Постепенно обучаясь, генинам в составе их команды могут быть доверены миссии C-ранга, в которых может потребоваться использование различных дзюцу. Спустя некоторое время генины могут принимать участие в экзаменах на получения более высокого звания — чуунин, обладание которым будет свидетельствовать о их возросших способностях. Стоит заметить, что некоторые ниндзя, имеющие звание генин, по тем или иным причинам не стали чуунинами, но их способности достигают даже уровня джоунинов. К примеру, Наруто, неудачно прошедший первый свой экзамен на чуунина, впоследствии ушёл из Конохи с целью обучения у Джирайи, и в результате, оставаясь генином, принял участие в битве с Какудзу, а затем уничтожил шесть тел Пэйна. Саске же остался генином, потому как покинул Деревню Скрытого Листа и отправился на обучение к Орочимару.

Чуунин получает возможность стать лидером своей команды. Шиноби этого класса достигли определённого уровня зрелости, свидетельствующей о полученных навыках лидерства и тактического мастерства. Чуунинов обычно посылают на миссии С или B рангов. Некоторые из них, как например Ирука Умино, исполняют функции преподавателя.
Чтобы получить звание чуунина, генин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене (т. н. Экзамене на звание Чуунина), который проходит дважды в год при участии представителей сразу нескольких селений шиноби.

Джоунин — чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным джоунинам могут даже доверить миссии уровня S (наивысшей сложности), которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда джоунину вверяют команду из трёх генинов для их более углублённого обучения. В «Naruto Anime Profiles» упоминается, что данное звание можно получить, сдав определённый экзамен. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, разные техники гэндзюцу и владеть тайдзюцу.

Токубетсу джонин называются ниндзя с уровнем и способностями джоунина, но подготовленных лишь в одной определённой области военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного джонина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Примерами токуджо служат Ибики Морино и Эбису.

АНБУ — особый отряд наёмных ниндзя, находящийся под непосредственным контролем Кагэ. Члены АНБУ защищают лидера деревни, а также само селение от исключительных угроз и проводят различного рода миссии, связанные с большим риском, будь то выслеживание кого-либо или же убийство врага, в том числе за границей. Они прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего используют различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. В случае смертельного ранения члены АНБУ самоуничтожают своё тело, чтобы противник не узнал о них никакой информации.

Каге - так называют главу одного из пяти сильнейших Скрытых Селений, ниндзя, признаваемого самым опытным и мудрым в своей деревне. Несмотря на это, со временем он может частично потерять свою былую мощь и быть превзойдён другими более молодыми шиноби. Основными задачами Каге являются надзор за деятельностью своей деревни и лидерство над обществом ниндзя.
Каге может передавать свой титул другому, причем предыдущий Каге оставляет себе этот титул до своей смерти. Так произошло у третьего и четвертого Хокаге. Когда четвертый Хокаге погибает, третий возвращается на пост Хокаге.
У многих Каге родственники или учителя так же были Каге или были учениками таковых. Например пятый Казекаге, Гаара, и его отец, который был четвёртым Казекаге. Четвертого Хокаге учил Джирайя, ученик третьего Хокаге. Пятый Хокаге, Цунаде - внучка первого и второго Хокаге и бывшая ученица третьего Хокаге. Третий Хокаге был учеником первого и второго Хокаге.
Каге стоят наравне с правителями своих стран, осуществляют надзор за деятельностью своих деревень, и являются лидерами общества ниндзя. Как правило, они являются теми, кто отправляет команды ниндзя на их миссии и принимает решения в отношении безопасности деревни. Пять Каге крупнейших селений:
Хокаге (火影, "тень огня"), Каге Деревни Скрытого Листа
Казекаге (風影, "тень ветра"), Каге Деревни Скрытого Песка
Цучикаге (土影, "тень земли"), Каге Деревни Скрытого Камня
Райкаге (雷影, "тень молнии"), Каге Деревни Скрытого Облака
Мизукаге (水影, "тень воды"), Каге Деревни Скрытого Тумана